Häufige Besitzerwechsel zeugen von unruhigen Zeiten für die Burg. In Auseinandersetzungen um die Reichsgewalt und die Herrschaft in Thüringen war die Wachsenburg ebenso einbezogen wie ihre Schwesterburg Gleichen. Dokumente belegen, dass beispielsweise im Jahre 1098 Schäden, die an der Burg im Verlauf einzelner Kämpfe entstanden waren, ausgebessert werden mussten. 1119 legte Kaiser Heinrich V. eine Besatzung in die Burg um bei den Streitigkeiten um das Reichslehnrecht dem Thüringer Adel Paroli zu bieten. Die Adligen aber hungerten die Besatzung aus und zwangen sie zur Übergabe der Burg. Auch der staufisch-welfische Thronstreit ging nicht spurlos an der Wachsenburg vorüber.

Nach dem Aussterben der Käfernburger 1302 gelangte die Burg über verschiedene Hände 1306 in Besitz der Grafen von Schwarzburg und erlebte ihre eigentliche Blüte. Die Geldnot der Schwarzburger aber führte 1369 zum nächsten Verkauf, diesmal an die Landgrafen von Thüringen. Durch Verpfändungen gelangten schließlich Apel von Vitzthum und seine Brüder in den Besitz der Burg. Damit sank die Wachsenburg zur Raubritterburg herab, denn Apel und seine Gesellen überfielen Kaufmannszüge und drangsalierten die Bauern der umliegenden Dörfer im Erfurter Gebiet.

1451 belagerte die Stadt Erfurt mit den Reichsstädten Mühlhausen und Nordhausen die Burg, um den Raubrittern das Handwerk zu legen. Die Belagerer brachten durch einen Stollen die Schildmauer zum Einsturz und zwangen die Raubritter nach vierwöchiger Belagerung zur Aufgabe. Der Hauptübeltäter Apel aber konnte entkommen. Aus Rache soll er 1472 die Stadt Erfurt an mehreren Stellen angezündet haben, wodurch einige tausend Bürger ihr Obdach verloren.

Die danach militärisch bedeutungslose Burg, vom Verfall bereits gekennzeichnet, wechselte 1641 in den Besitz des Herzogs von Gotha. Es gab Umbauten für verschiedene Zwecke, nach dem Dreißigjährigen Krieg diente die Burg als Festung und bis 1856 als Gefängnis für Militärangehörige.Die zahlreichen Umbauten haben die mittelalterliche Substanz stark zurückgedrängt. Die Burg stellt sich als geschlossene Anlage dar und soll im Zweiten Weltkrieg auch in den strategischen Überlegungen eine Rolle gespielt haben.

Die Burgmauer umfaßt einen weiträumigen Hof mit Wirtschaftsgebäuden, von denen das Brunnenhaus am interessantesten erscheint. 1651 wurde hier ein 93 m tiefer Brunnen in den Berg getrieben und ein großes Tretrad für das Heraufziehen des Wassers eingebaut. Der Innehof endet nach kurzem Anstieg vor dem inneren Burgtor, das heute vom sogenannten Hohenlohe-Turm begrenzt wird. Der mittelalterliche Bergfried mußte im 18.Jahrhundert abgetragen werden, der neue Turm kam erst 1905 als Aussichtsturm dazu.

Heute befindet sich einer guten thüringischen Küche auch ein Hotel auf der Wachsenburg.